Внатрешната организација, односно организационата структура на Конзерваторскиот центар-Скопје ја сочинуваат следните организациони облици:
1.СЕКТОР ЗА КОНЗЕРВАЦИЈА И РЕВИТАЛИЗАЦИЈА
1.1 Одделение за археологија и историја на уметност
1.2 Одделение за градителско наследство
1.2.1 Отсек за градежна оператива
1.3 Одделение за конзервација на уметничко наследство
1.3.1 Лабораторија за ѕидно сликарство, мозаик и штуко
1.3.2 Лабораторија за недвижно по намена и движно наследство
1.4 ИНДОК центар
2. ОДДЕЛЕНИЕ ЗА ОПШТИ, ПРАВНИ И АДМИНИСТРАТИВНИ РАБОТИ
3. ОДДЕЛЕНИЕ ЗА МАТЕРИЈАЛНО-ФИНАНСИСКИ РАБОТИ
4. ОТСЕК ЗА ПРЕЗЕНТАЦИЈА НА КУЛТУРНО НАСЛЕДСТВО
Види огранограм
